لعلّ من أحد أهم الأسباب التي أدت إلى تهميش، وحتى إقصاء أهل السنَّة في العراق هو عدم وجود مرجعية جامعة لهم في العراق وعدم اتفاق وتشرذم القيادات السياسية في مناطق الأغلبية السنيّة، الشيعة في العراق فرضت عليهم المرجعية الشيعية في النجف أن يلتفوا حول زعامات الأحزاب الشيعية ذات الجذور الإيرانية، وتلك الأحزاب وبضغط من طهران وبإشراف مباشر من (المندوب السامي الإيراني الجنرال قاسم سليماني) أنشأ البيت الشيعي بمبادرة من أحمد الجلبي الذي تحوَّل إلى مسمى التحالف الوطني الذي ضم أحزاب الدعوة والمجلس الأعلى للثورة الإسلامية والصدريين والأحزاب الصغيرة، مثل حزب الفضيلة وعصائب الحق وجماعة إبراهيم الجعفري بعد انشقاقه عن حزب الدعوة وفروع الحزب الداخلية كجماعة حسن الشمري وحزب الله العراقي، بحيث انطوت جميع الأحزاب والجماعات السياسية للشيعة في إطار ذلك التحالف الذي أصبح يُشكّل قوة أساسية تمثّل الشيعة فرضت الكثير من التوجهات والقرارات على شركاء العملية السياسية من السنَّة والأكراد.
أما الأكراد فقد كان لهم أحزابهم وتنظيماتهم قبل عام 2003 حينما أطاح الاحتلال بالحكم الوطني، فللأكراد أحزاب عريقة، كالحزب الديمقراطي وهو أساس كل الأحزاب الكردية حيث كان يُسمى بالحزب البارتي والذي أنشأه الملا مصطفى البرزاني والد الرئيس الحالي لإقليم كردستان مسعود البرزاني، وكان ينضوي تحت لوائه وأحد أعضائه البارزين الرئيس جلال طالباني الذي كان يساري التوجه وذا ميول اشتراكية، وهو ما أدى إلى انفصاله عن البرزاني وتأسيسه للحزب الوطني الذي ضم أكراد السليمانية والمناطق الحدودية مع إيران، وبعد إعلان إقليم كردستان وتمتعه بحكم ذاتي غير محدود، ظهرت أحزاب أخرى ذات توجه إسلامي، ثم انشقت حركة التغيير بزعامة مصطفى نشروان عن حزب طالباني، إلا أنه مع ذلك ووجود سبعة أحزاب كردية إلا أن الأكراد ظلوا في علاقاتهم مع نظرائهم في العملية السياسية في العراق متوحدين، كلمتهم واحدة ولهم تمثيل سياسي (الاتحاد الكردستاني) سواء في مجلس النواب العراقي أو في جلسات التفاوض أو العلاقة مع الحكومة المركزية في بغداد.
أما أهل السنَّة فهم مشتتون وانضم الكثير منهم إلى تكتل (العراقية) برئاسة أياد علاوي بحجة نبذ الطائفية، ولم يروا بأساً لتحقيق هذا الهدف أن ينضموا إلى قائمة يرأسها أحد أبناء الشيعة إذ إن الدكتور أياد علاوي أميناً لعراقيته ويقدم الوطن على المذهب، وكاد أن يكون أول رئيس وزراء منتخب لولا تلاعب مجلس القضاء العراقي الذي احتال على نصوص الدستور، فأبدل الكتلة الأكبر في البرلمان بدلاً من القائمة الفائزة الأكبر والتي كانت العراقية بـ 91 مقعداً ليحل محلها البيت الشيعي الذي جمع كل قوائم الشيعة، ويفرض المالكي رئيساً للحكومة العراقية جالباً كل المصائب والمصاعب التي يشهدها العراق حالياً، ومنها فرض الاجتثاث والإقصاء والتهميش على أهل السنّة الذين زاد تشرذمهم بإغراء بعض زعاماتهم في المشاركة بالعملية السياسية الذين لم يكن لمشاركتهم أي تأثير سوى إعطاء شرعية لعمليات إقصائهم واجتثاثهم، إذ كان نوري المالكي يستعين بالزعامات السنيّة، وبعد أن تستنفد أغراضها يتم إقصاؤها واتهام تلك الزعامات بممارسة الإرهاب، مثل ما حصل مع طارق الهاشمي ووزير المالية السابق وقبلهما رئيس البرلمان العراقي الأسبق.
تشرذم القيادات السياسية السنيّة وضعف المرجعية الدينية موزعة الولاء بين المفتي ورئيس الوقف السني، ورئيس الحزب الإسلامي، وقادة الجماعات الإسلامية، فرَّق كلمة أهل السنَّة في العراق وجعلهم عرضة للتهميش والإقصاء.